Okno na dane medyczne i naukowe

Działalność bieżąca i postęp w medycynie wymaga dziś adaptacji informatycznych narzędzi analitycznych. Siłą rzeczy zmienia to lekarzy i naukowców w osoby „o podwójnym obywatelstwie”: „medycznym” i „informatycznym”. O platformie do badań nad nowotworami ONKOSYS, zbudowanej w Centrum Onkologii - Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie w Warszawie rozmawiamy z prof. Magdaleną Chechlińską, kierownikiem Zakładu Immunologii, pomysłodawcą i współtwórcą przedsięwzięcia.

FOTO
GetRefe
Centrum Onkologii – Instytucie im. M. Skłodowskiej-Curie (COI) – największym ośrodku onkologicznym w Polsce, prowadzącym działalność leczniczą i naukową, ze środków Unii Europejskiej zbudowano platformę ONKOSYS „Kompleksową infrastrukturę informatyczną dla badań nad nowotworami”. W centralnym module ONKOSYS, hurtowni zbudowanej m.in. na podstawie pakietu narzędzi SAS Advanced Analytics, zintegrowano zasoby informacji naukowej i medycznej COI.

Po raz pierwszy w Polsce zastosowano SAS Content Categorization Studio w medycynie. Umożliwi to ekstrakcję danych m.in. z notatek lekarskich i opisowych wyników badań, które są kopalnią bezcennych danych. Obecnie jest ponad 8 mln takich rekordów, z przyrostem miesięcznym ponad 60 tys. Dane zgromadzone w ONKOSYS to prawdziwe wyzwanie dla analityków, a jednocześnie szansa na eksplorowanie milionów danych dotychczas niedostępnych do analiz.

Zobacz również:

O przedsięwzięciu rozmawiamy z jego pomysłodawcą i twórcą, prof. Magdaleną Chechlińską, kierownikiem Zakładu Immunologii Centrum Onkologii – Instytutu im. M. Skłodowskiej-Curie w Warszawie. W rozmowie udział bierze także Ewelina Jurzysta, administrator portalu ONKOSYS, absolwentka SGH.

Okno na dane medyczne i naukowe

Pani Profesor, platforma ONKOSYS to Pani pomysł. Czy to początek przygody analitycznej i informatycznej w Centrum Onkologii?

Analityka jest nieodłączną częścią opracowań naukowych i medycznych. W tym sensie to dla nas nie nowość. Byliśmy też pionierami zastosowania technologii informatycznych w polskiej medycynie. Już w 1997 roku Centrum Onkologii – Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie w Warszawie zostało laureatem nagrody „Lider informatyki” magazynu „Computerworld”. Problemem była dostępność do naszych ogromnych zasobów danych, integracja tych danych i ograniczone możliwości analityczne. W tym sensie ONKOSYS to dla nas faktycznie początek, początek wielkiego zadania spożytkowania danych o ogromnej wartości, dotychczas nieanalizowanych w szerokim zakresie.

Kiedy zrodził się pomysł, okazało się, że istnieją już stosowne narzędzia i rozwiązania, pozostawało je wdrożyć. Nie jestem z wykształcenia informatykiem, ani nawet domorosłym informatykiem… To ostatnie może zresztą ma szansę powoli się zmieniać pod wpływem pracy nad koncepcją ONKOSYS, potem z wdrażanym i rozwijanym systemem. Jestem użytkownikiem potrafiącym sformułować problem językiem naturalnym, językiem swojej specjalności. Prof. Magdalena ChechlińskaKliknij, aby powiększyćProf. Magdalena Chechlińska
Prof. Magdalena Chechlińska
Dr hab. Magdalena Chechlińska, prof. nadzw. jest kierownikiem Zakładu Immunologii Centrum Onkologii – Instytutu im. M. Skłodowskiej-Curie (COI) w Warszawie. Jej zainteresowania naukowe koncentrują się wokół biologii nowotworów. Jest autorem wielu publikacji naukowych poświęconych m.in. badaniom mikrośrodowiska nowotworów, cytokin, mikroRNA oraz poszukiwaniom biomarkerów nowotworowych. Jest członkiem redakcji międzynarodowych czasopism naukowych, członkiem kilku krajowych i międzynarodowych towarzystw naukowych, członkiem Rad Naukowych: COI oraz Centrum Zdrowia Dziecka. Jest laureatem nagrody naukowej im. Jędrzeja Śniadeckiego, która jest najwyższym wyróżnieniem Wydziału Nauk Medycznych Polskiej Akademii Nauk. Jest inicjatorem i realizatorem utworzenia w COI informatycznej platformy ONKO.SYS.


Skąd zatem kompetencje do zbudo¬wania modelu wykorzystania danych nieustrukturyzowanych dla poprawy wyników leczenia chorych na nowo-twory?

Początek to refleksja naukowca, świadomość dysponowania zasobami niepowtarzalnych, bezcennych informacji, które mogłyby być wykorzystywane dla celów poznawczych i praktycznych, nawet do codziennej pracy lekarskiej, a nie są dostępne. Nie muszę wyjaśniać, że celem przewodnim, choć często nie bezpośrednim, jest dobro i życie pacjen¬tów, które zależą od trafnych i szybkich decyzji. Do zespołu pracującego nad projektem udało się włączyć fachowców i pasjonatów, osoby z doświadczeniem w budowaniu hurtowni i ekspertów BI i danych medycznych.

Czy COI posiada kompetencje do prowadzenia analiz przy użyciu nowego narzędzia? W jaki sposób chce je rozbudowywać?

To jest problem, dlatego że potrzeby są bardzo duże, w kilku obszarach. Potrzebujemy szybkich, trafnych analiz w zakresie problematyki medycznej i naukowej oraz do opracowań z zakresu ekonomiki leczenia onkologicznego, aby jak najlepiej wykorzystywać zawsze ograniczone środki. Wydaje się, że w tym ostatnim wymiarze najszybciej uda nam się zbudować odpowiednie kompetencje.

Fundusze do realizacji naszych zadań pozyskujemy z grantów, z Ministerstwa, z NFZ. Rozliczenia działalności leczniczej i naukowej są jednak istotnym organizacyjnym obciążeniem. Zbudowanie bazy działalności i aktywności naukowej pracowników oraz automatyzacja raportowania jest więc ważnym ułatwieniem, dzięki któremu więcej czasu można poświęcić na działania merytoryczne, z wykorzystaniem przeogromnego potencjału nowoczesnej analityki.

Mówiąc wprost: ilu data scientistów potrzebuje i jest w stanie utrzymać taka jednostka jak COI?

Potrzebny byłby zespół analityków, fachowców, którzy współpracowaliby ściśle z zespołami klinicznymi i badawczymi, zrozumieliby specyfikę rozwiązywanych problemów i danych poddawanych analizie, a drugiej stronie pokazaliby, jak analitycznie patrzeć na dane. Obecnie zatrudniliśmy tylko dwie osoby do zadań związanych z analityką i administrowaniem systemem. A powtórzę raz jeszcze: potrzeby są ogromne.

Te osoby są przypisane do „analityki ekonomicznej”?

Analityka ekonomiczna to odrębna kwestia, tym zajmują się użytkownicy z części administracyjnej Instytutu. Nasi analitycy to osoby zatrudnione z myślą o tych celach najważniejszych: do zapewnienia działania systemu, do badań klinicznych, do projektów międzyośrodkowych, do analiz medycznych i naukowych.

Kim są, czy mają „background” medyczny czy analityczny?

Wykształcenie może być różne, ważne są faktyczne umiejętności i fakt, że stają się pasjonatami zastosowania analityki w onkologii.

Czym ich Pani Profesor skusiła do pracy w COI? Czym może analityków i data scientistów kusić COI?

Profil analityka pracującego u nas jest inny niż w biznesie, ponieważ specyfika pracy jest inna. Badamy zjawiska charakteryzujące się dużą zmiennością i opisujemy ogromną liczbę parametrów. Zazwyczaj każda analiza jest inna. Nieomal każdy projekt wykorzystuje inne podejście, inny zestaw danych, konieczne jest łączenie różnych wymiarów. To nie jest krojenie wzdłuż i w poprzek, jak zazwyczaj w analityce na potrzeby biznesu czy administracji. To jest jak krojenie kuli – przez wszystkie możliwe płaszczyzny. Analityk jest więc u nas kreatywny, stawia pytania tak jak naukowiec.

Krojenie kuli
Nieomal każdy projekt wykorzystuje inne podejście, inny zestaw danych, konieczne jest łączenie różnych wymiarów. To nie jest krojenie wzdłuż i w poprzek, jak zazwyczaj w analityce na potrzeby biznesu czy administracji. To jest jak krojenie kuli – przez wszystkie możliwe płaszczyzny.
My, lekarze i naukowcy w Centrum, także jesteśmy przeszkoleni do posługiwania się narzędziami analitycznymi. Oni natomiast potrafią przetłumaczyć nasze pytanie na język statystyki, analityki, algorytmów. Ale przy tym stopniowo zaczną sami te pytania formułować. I będą uprawnieni do ich zadawania, wykazywania relacji, rozbieżności itd.

I to jest magnes?

To jest magnes, który działa. Praca kreatywna i praca dla wielkiej idei, wielkiej potrzeby, dla poprawy szans chorych na raka.

W podobny sposób, odwołując się do etosu urzędnika i państwowca, mocny zespół osób o deficytowej na rynku kompetencji UX w administracji publicznej zbudował swego czasu Nikodem Bończa Tomaszewski, ówczesny szef Centralnego Ośrodka Informatyki.

Liczę na podobny efekt. W onkologię wpisane jest ciągłe eksperymentowanie. Każda analiza jest inna, indywidualna.

Jakie pomysły może wykreować analityk, który zacznie rozumieć onkologię?

Z zastrzeżeniem: w dużej mierze w dzisiejszej nauce jest to praca wspólna – zespołu. Także stawianie pytań, hipotez. Ich formułowaniem zajmuje się zespół. Gros inspiracji spada na razie na lekarza lub naukowca.

Onko.sys prowokuje do powoływania takich „zespołów” ponad granicami formalnych jednostek organizacyjnych. Czy obserwuje już Pani takie interdyscyplinarne efekty?

Było to jednym z naszych założeń i celów projektu. Instytucje finansujące badania oczekują zresztą takiego interdyscyplinarnego, a często również wieloośrodkowego podejścia. U nas działa to w naturalny sposób. Takie projekty się już robi. Do tego niezbędne jest wzajemne poznanie merytoryczne, możliwość prezentacji własnych osiągnięć, kompetencji i informacji. Te funkcje w kapitalny sposób realizuje nasz portal.

A jakie są unikalne oczekiwania względem analityków?

Ich domeną pozostaną wielkie zbiory danych. Można tam znaleźć fantastyczne rzeczy, o ile posiada się aparat matematyczny, narzędzia analityczne. A analitycy z biegiem czasu poczują, zrozumieją sposób działania, kontekst, poznawcze deficyty i wyzwania onkologiczne. W przyszłości analityk mógłby więc sam inicjować takie badania.

Okno z widokiem na współpracę
Odwiedzający nas lekarze z czołowego światowego ośrodka badań nad nowotworami – MD Anderson Cancer Center – byli naszym systemem zachwyceni. To otwiera nam drzwi do współpracy.
Tak musi być, dlatego że każdy z nas, lekarzy i naukowców, ma swoje obowiązki. Nie wspomnę już o pisaniu aplikacji grantowych, co wg światowych danych konsumuje ponad 60% czasu naukowca… Jeśli chce się coś robić dobrze, nie sposób tego robić powierzchownie. Analizy wymagają warsztatu i czasu, specjalistycznej wiedzy, doświadczenia i rozumienia sensu analizowanych danych. Gdybyśmy więc mieli sami przeprowadzać analizy, nie dalibyśmy rady.

Ilu naukowców, ile projektów powinno korzystać z ONKOSYS?

Cały czas się uczymy nowego systemu i doskonalimy jego działanie. Ze strony niektórych użytkowników doświadczamy też pewnego oporu, niechęci wobec nowych narzędzi. To jest typowe i nie zależy od charakteru instytucji. Pracownicy mają silne przyzwyczajenia, swoje ulubione narzędzia i metody analiz. Liczę jednak, że stopniowo coraz więcej użytkowników doceni nowe możliwości, jakie daje ONKOSYS. Bardzo dobrze działają przykłady, dowody efektywności działania ONKOSYS. W ciągu standardowego szkolenia z obsługi narzędzia jednemu z lekarzy udało się w krótkim czasie odnaleźć 40 rozpoznań rzadkiej odmiany nowotworu. Praca bez ONKOSYS wymagałaby kilku miesięcy na przegląd zasobów odpowiadających kilkudziesięciu tomom dokumentacji papierowej. Lekarz szczerze wyznał, że ze względu na brak czasu już od dłuższego okresu wciąż odkładał podjęcie tego żmudnego zadania. Liczę więc, że przyrost projektów, analiz, będzie opisany funkcją wykładniczą.

Szczególnie interesujące wydają się badania chorób rzadkich, w tym rzadkich nowotworów. Efektywność ich leczenia jest bardzo niska, a koszt społeczny duży.

Takie jednostki chorobowe zazwyczaj nie są obejmowane badaniami klinicznymi, badania podstawowe są utrudnione. Mało wiemy o takich nowotworach i odpowiednich lekach. Jako ośrodek duży i referencyjny jesteśmy uprzywilejowani – trafia do nas zwykle gros takich chorych z całego kraju.

Pole do zastosowania ONKOSYS jest bardzo szerokie. Innym przykładem może być analiza określonych parametrów w kontekście zmian klasyfikacji nowotworów.

Możemy retrospektywnie ocenić, czy np. przebieg choroby i wyniki leczenia układają nam się w sensowną całość względem nowej klasyfikacji. Szukamy sposobów na poprawę skuteczności terapii.

Czy te możliwości spotęgowałoby połączenie z bazami międzynarodowymi?

Muszę się pochwalić, że odwiedzający nas lekarze z czołowego światowego ośrodka badań nad nowotworami – MD Anderson Cancer Center – byli naszym systemem zachwyceni. A to otwiera nam drzwi do tego typu współpracy. Obecnie jesteśmy na etapie rozmów na temat współpracy z amerykańskim NCI, opierając się na zasobach i możliwościach ONKOSYS.

A z prywatną służbą zdrowia?

Potencjalnie tak, np. na poziomie oceny patologicznej czy konsultacji preparatów. Oczywiście, można sobie wyobrazić wiele potencjalnych pól współpracy. Obecnie jednak prywatne ośrodki zorientowane są raczej wyłącznie na realizację ustalonych procedur leczniczych.

Pani Profesor, jakie jeszcze pomysły czekają na realizację?

Podwójne obywatelstwo
Musimy, jako lekarze, naukowcy, sami sięgać po narzędzia analityczne, informatyczne. Korzystać z nich. Spodziewam się, że odsetek osób w Centrum z takim podwójnym „obywatelstwem” – „medycznym” i „informatycznym” – sięgnąć może 1/3–1/4 pracowników merytorycznych. Wtedy być może podołamy skali wyzwań.
Pierwotny pomysł obejmował implementację elementów telemedycyny, a właściwie telediagnostyki. Każdy preparat histopatologiczny miałby być skanowany i opracowywanie trudnych przypadków mogłoby być wspomagane szerokimi konsultacjami. Myślałam o stworzeniu cyfrowego archiwum histopatologicznego z prawdziwego zdarzenia, obejmującego również cyfrową ewidencję zasobów zgromadzonych w bloczkach parafinowych służącego celom naukowym. Jednak na realizację projektu mieliśmy raptem parę miesięcy, więc te zamierzenia nie znalazły się w ostatecznym wniosku projektowym. Prace w kierunku wprowadzenia telediagnostyki są obecnie realizowane przez Zakład Patologii. Jak sądzę, ten drugi pomysł jeszcze musi poczekać.

Realna bariera innowacyjności?

Poza oporem przed zmianami, o czym już wspomniałam, jest także inna, całkiem podstawowa: zasady finansowania procedur medycznych i finansowania badań. Finansowanie procedur medycznych jest sztywne, nie uwzględnia możliwości, jakie wynikają z intuicji i doświadczenia własnego lekarza; mam tu na myśli głównie leczenie w rozpoznaniach, dla których nie ma efektywnego leczenia, a mogłyby być zastosowane leki dopuszczone w innych jednostkach chorobowych. Jeśli chodzi o badania naukowe, najczęstszą formą finansowania są granty. Instytucja finansująca oczekuje realizacji pomysłu. A przecież im bardziej oryginalny, innowacyjny jest pomysł, tym bardziej obciążony jest ryzykiem niepowodzenia. I o ile wyjściowy cel może być nietrafiony, w eksperymencie mogą ujawnić się inne, nieoczekiwane, a fantastyczne odkrycia!

Wspomnę jeszcze tylko o zgubnym po¬dziale instytucji dotujących na te finansujące badania podstawowe i te finansujące badania aplikacyjne. I nic pomiędzy. Żadnych łączników. To wymyślił ktoś, kto nie ma pojęcia o nauce. Niestety.

Trzeba więc chuchać na ONKOSYS. Pani Profesor, kiedy pojawi się ta oczekiwana zwyżka projektów zainicjowanych i realizowanych za sprawą platformy?

Kiedy nasi ludzie przyzwyczają się do narzędzia. I kiedy zainteresujemy ONKOSYSem naukowców z zewnątrz, inne ośrodki, proponując współpracę. To może być fundament, dzięki któremu staniemy się atrakcyjnym partnerem do współpracy i organizatorem badań. Zwrócę uwagę, że nasza misja ośrodka referencyjnego nabiera innego wymiaru w tej cyfrowej rzeczywistości. Jesteśmy skomunikowani, zapewniamy przepływ informacji, wiedzy.

Więc przyszłość COI to informatyka?

Informatyka i analityka. W tę stronę to zmierza, będziemy rozbudowywać takie kompetencje. I uczyć się ich. Więc nie odbędzie się to bez zatrudnienia informatyków i analityków, ale to nie wystarczy. Musimy, jako lekarze, naukowcy, sami sięgać po narzędzia analityczne, informatyczne. Korzystać z nich. Spodziewam się, ze odsetek osób w Centrum z takim podwójnym „obywatelstwem” – „medycznym” i „informatycznym” – sięgnąć może 1/3–1/4 pracowników merytorycznych. Wtedy być może podołamy skali wyzwań.

Dziękuję za rozmowę.

PATRONAT CEO I CIO
Prof. Magdalena Chechlinska była prelegentem konferencji SAS Forum Polska 2016, która odbyła się 17 października 2016 w Warszawie pod hasłem „Z analityką jutro zaczyna się dziś”. SAS Forum - jedno z najważniejszych spotkań ekspertów, praktyków i użytkowników analityki biznesowej w Polsce - zgromadziło w tym roku ponad 900 uczestników reprezentujących różne sektory rynku. Tematem przewodnim wydarzenia była rola analityki w zarządzaniu strategicznymi transformacjami i kreowaniu innowacyjnej oferty w dobie cyfrowej. Była też mowa o budowaniu i ewolucji kultury analitycznej organizacji oraz dojrzałości analitycznej, której przejawem jest pełna integracja funkcji analitycznych z kluczowymi procesami biznesowymi.

maj - wrzesień Zarejestruj się Podczas ostatniej, 4. edycji konferencji Computerworld Zarządzanie Zespołami IT, blisko 300 szefów działów IT oraz HR z firm posiadających duże działy IT rozmawiało o tym, jak znaleźć i utrzymać specjalistów IT. W odpowiedzi potrzeby uczestników, zaprosiliśmy trenerów do ponownej realizacji warsztatów, by dać Państwu możliwość zglębienia zagadnień. Sesje mają formułę całodniowych, interaktywnych treningów.

5-6 June 2017 Zarejestruj się Scrum Days will not be just another agile conference you’ve seen before. Our mission is to create an environment where people can meet, build social networks, do business and have fun. We were tired of hours of talking, missed subjects, not enough room to meet and strict schedule. So we present to you a whole new conference experience.

13 czerwca 2017 r. Zarejestruj się Konferencja Computerworld Forum Architektów IT od siedmiu lat stwarza doskonałą okazję do spotkania osób odpowiedzialnych za wdrożenie, rozwój i realizację architektonicznego podejścia do rozwoju IT w organizacjach. To jedyne tego typu wydarzenie w Polsce, które na stałe wpisało się w kalendarze architektów IT i architektów korporacyjnych.

20 czerwca 2017 r. Zarejestruj się Uroczysta premiera Computerworld TOP200. Polski rynek ICT 2017 stwarza unikatową okazję spotkania 2 grup zainteresowanych polską branżą teleinfomatyczną: CIO, reprezentujących innowacyjne branże oraz top menedżerów sektora IT. W programie trendy i wyzwania IT na najbliższe lata, m.in. Blockchain, Cloud Computing, Wirtualna rzeczywistość oraz IoT.

21 września 2017 r. Do dziś tytułem Lidera Informatyki poszczycić się może blisko 100 firm. W konkursie wyłaniamy firmy i instytucje, które wykorzystują innowacyjne rozwiązania IT, aby zwiększyć efektywność swoich działań. Już 21 września poznamy laureatów Konkursu Lider Informatyki 2017.